Die Herren „von Lewenhagen“ (Löwenhain) wurden in einer Urkunde des Würzburger Fürstbischofs Hermann von Lobdeburg 1246 erstmals erwähnt. Ende des 13. Jahrhunderts sind die von Lebenhan ausgestorben und ihr Besitz ging an die Familie der Forstmeister von Rothenkolben über. Sie waren die Verwalter des fürstbischöflich würzburgischen Salzforstes. Die Familie spaltete sich in die Zweige Lebenhan, Unterebersbach und Steinach auf. Der Lebenhaner Zweig starb 1603 mit Wilhelm von Rothenkolben aus. Durch dessen Tochter Ursula, die mit dem fürstbischöflichen Amtmann von Fladungen, Otto Wilhelm von Gebsattel verheiratet war, kam dessen Familie in den Besitz der Rothenkolbischen Güter in Lebenhan. Zu dieser Zeit bestanden hier zwei Schlösser, die zu Beginn des 16. Jahrhunderts erbaut worden waren; das „vordere Schloss“ stand mit seiner Längsachse an der heutigen Straße, es wurde nach 1848 abgebrochen. Ein Teil der Südfront blieb stehen und bildet nun die Parkmauer an der Straße. Das zweite, „hintere Schloss“ stand im rechten Winkel dazu auf der Grundfläche des jetzigen Schlosses; zwischen beiden Gebäuden stand ein quadratischer Turm, dessen beide untere Stockwerke aus roten Sandsteinquadern noch stehen.
Die Familie von Gebsattel erneuerte das „hintere Schloss“ 1750 als dreistöckigen, schlichten Barockbau. Sie behielt das Gut bis 1865 in ihrem Besitz. 1919 kauften die Missionare von der Heiligen Familie den alten Herrensitz Schloss Löwenhain. Aus dem stattlichen Bau wurde eine Missionsschule mit Internat, die bis zur Schließung 1978 viele Priester und Missionare hervorbrachte. 2008 musste das Kloster aufgelöst werden, die Klosterkirche St. Kilian wurde profaniert. Die Kuratie Lebenhan-Mariä Geburt mit 389 Katholiken gehört zum Dekanat Bad Neustadt. Die Lebenhaner Kinder besuchen den eingruppigen katholischen Kindergarten Lebenhan.
2008 erwarb die Stiftung Weltkulturerbe der Weisheitslehren das Objekt. 2022 ging Schloss Löwenheim in den Besitz der Schlossinternat Bad Neustadt Projektbau GmbH mit Sitz in München über. Für 2024 ist der Internat-Start geplant.